Многих данных для расследования не доставало, а некоторым фактам не уделялось достаточного внимания. Высказывались разные версии - взрыв в воздухе, разгерметизация кабины, посторонний предмет в двигателе. Выводы комиссии и последовавшее официальное заключение не были убедительными, что послужило поводом к возникновению множества слухов и легенд, от самых фантастических до вполне реальных. Одной из самых популярных была версия о том, что причина гибели летчиков - диверсия. Подоплекой было то, что Гагарин якобы стал неугоден правящей верхушке, и, пользуясь правами народного депутата, пытался противостоять режиму. Диверсия была так тщательно подготовлена, что никто не смог обнаружить никаких следов. Второй была версия о том, что Юрий Гагарин сильно злоупотреблял спиртным и в момент полета был пьян. Из-за этого он не справился с управлением, а с его инструктором Владимиром Серегиным в самый критический момент случился приступ почечной недостаточности.

Якобы подтверждением этому послужила медицинская экспертиза, которая обнаружила содержание алкоголя в теле Гагарина.